La Facultad de Ciencias Agrarias, llamada inicialmente “Escuela Superior de Agronomía”, comenzó su actividad el 16 de Agosto de 1939. Al principio funcionó en la amplia casona que ocupaba la Escuela "Arístides Villanueva", ubicada en la intersección de las calles Rivadavia y 9 de julio, en la Ciudad de Mendoza. En ese lugar se realizó el acto inaugural, presidido por Edmundo Correas, el primer rector que tuvo la UNCuyo.
En 1940 la escuela se trasladó a la Quinta Agronómica, el histórico predio creado en 1872 por el entonces presidente Domingo F. Sarmiento. Permanecieron en ese lugar durante quince años. El primer director fue Clodomiro Giménez.
Los primeros estudiantes utilizaron varios edificios antes de tener uno propio. Una de las sedes fue el “Chalet Administrativo”, construido en 1907; y la histórica “bodeguita” del 1900, que actualmente se utiliza como museo en el Centro de Congresos y Exposiciones de la Ciudad.
En 1944 egresó la primera promoción de 18 Ingenieros Agrónomos. Varios de ellos fueron nombrados posteriormente profesores de la Facultad, como Pedro Zuluaga, Roberto Vega, Guillermo Almela Pons y Pedro Wainstein, entre otros.
En 1946, a través del decreto Nº 25621 del 31 de diciembre, la Escuela Superior de Agronomía es elevada de categoría y adquiere su actual denominación: "Facultad de Ciencias Agrarias".
El actual edificio de la FCA, ubicado en Almirante Brown al 500 de Chacras de Coria (Luján de Cuyo), comenzó a construirse a fines de la década del '40 y la obra estuvo a cargo del arquitecto Arístides Cottini.
La Facultad abandonó definitivamente la Quinta Agronómica para trasladarse a sus nuevas instalaciones a mediados de la década del '50.
El campus de la Facultad de Ciencias Agrarias se encuentra a 15 kilómetros de la ciudad de Mendoza, en un predio rural de 103 hectáreas, con facilidades edilicias de casi 35.000 m² cubiertos, dispuestos en tres bloques: administración y gobierno, enseñanza e investigación e industrial.
Actualmente, la FCA tiene cerca de 1900 alumnos entre carreras de Pregrado y Grado, y hay unos 200 profesionales cursando las formaciones de Posgrado.